Em 1994 a tragédia: um incêndio com causas desconhecidas destruiu 70% da construção. Com a ajuda da comunidade, o Hospital reabre as portas no mesmo ano.

Em 1995 foi criada a Fundação Cultural Senhor Jesus dos Passos. Para breve, a Fundação promete a abertura do Museu Farmaco-Hospitalar de Santa Catarina, a ser sediado no Casarão do século XIX ao lado do hospital, bem como a criação do Parque Ecológico Menino Deus, para preservar os 218 mil metros quadrados de Mata Atlântica que restam no terreno.

Com uma privilegiada vista panorâmica do centro da cidade, o terreno também abriga o Cemitério da Irmandade do Senhor Jesus dos Passos. Situado nos fundos do Hospital, apresenta lápides e mausoléus antigos, onde estão enterradas figuras históricas de Florianópolis.